小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，…

铁剑（高山南配音）奉父之命潜心钻研剑道，在比赛场上遇见了一生的宿敌鬼丸猛（堀川亮配音），几番较量之下，鬼丸猛成为了铁剑的手下败将，不甘心的他被风神附体，得到了绝世珍宝风神剑。这边厢，铁剑亦得到了同样拥有强大力量的雷神剑，鬼丸猛一心想要夺走雷神剑，实现自己双剑合璧统治地球的野心，然而却总是不敌铁剑。在彻底粉碎了鬼丸猛的阴…

　　一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身…

节目由音乐合伙人寻找音乐中的另一半，每期六组飞行合伙人两两成组合作演唱，一人和常驻音乐人合作共同演绎一首金曲，进行“推荐金曲争夺战”。

为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉配音），自大而又偏执的人…

1989年，日本。乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。

1989年，日本。乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。

某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦配音）等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子配音）、小樱（中村千绘配音）、雏田（水樹奈々配音）受命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運…

　　铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝…

香港拳王阿杰为了保住师傅的拳馆，愿意为50万出场费，勇战泰拳神话仇立，不料腿部重伤，甚至留下了心理阴影。师傅为了帮助阿杰，牺牲自己挑战仇立， 触动阿杰终于克服恐惧，与仇立再次正面较量。这不只是一场输赢的比拼，更是战胜自己的证明。