道士燕赤霞和墨客宁采臣，为了除失落树妖姥姥救出受制于姥姥的聂小倩，与众侠士在兰若寺中与姥姥年夜战，失慎激发乾坤金印的时空穿越神力，被金印传送到了古代来...

该片讲述了男女主角被卷入一个巨大的科研阴谋，在一步步揭露谜团的过程中，两人不得不面对爱情、欺骗、阴谋、背叛等，在以为已经窥视到阴谋的全貌时，却又发现，这一切只是冰山一角……